رغم فوائده العديدة، حذّر أطباء من أن الشاي الأخضر قد يتسبب في آثار جانبية لست فئات من الأشخاص، تشمل: مرضى القولون العصبي أو الإسهال، الأطفال، المصابين بحساسية الكافيين، مرضى نقص الحديد، النساء الحوامل والمرضعات، والأشخاص ذوي المعدة الحساسة.
وبيّن الخبراء أن احتواء الشاي الأخضر على الكافيين ومركب التانينات قد يؤدي إلى تفاقم بعض المشكلات الصحية أو إعاقة امتصاص العناصر الغذائية المهمة، مثل الحديد، وهو ما يجعل تجنبه أو الحد من استهلاكه أمرًا ضروريًا لهذه الفئات.